История поселка Саперный ведет свой отсчет с петровских времен. Царь Петр Великий пожаловал земли на берегах Невы генерал-майору В. Д. Корчмину, но в 1743 году они стали уже собственностью Б. П. Шереметева, потомок которого в 1868 году сдал их в аренду Главному инженерному управлению. Места, где расположен Саперный, предназначались для устройства лагерей, учебных плацев, а также для саперных и минных работ. Отсюда и название поселка.
В советский период Саперный бурно развивался, здесь было начато строительство завода «Ленспиртстрой», который должен был выпускать технические спирты для производственных нужд, но предприятие не было достроено, так как началась Великая Отечественная война. Поселок стал частью линии обороны Ленинграда. В августе 1942 года вблизи завода проводилась Усть-Тосненская военная операция, при которой заводское здание было практически полностью разрушено. Его руины до сих пор используются в качестве декораций российским кинематографом. Именно здесь частично проходили съемки фильма Ф. Бондарчука «Сталинград».
В 1964 году по решению Ленгорисполкома несколько окрестных деревень были объединены под общим названием «поселок Саперный». Сегодня здесь проживает около 2 тысяч человек. На территории МО п. Саперный расположено крупное промышленное предприятие «Леспром». В поселке завершена газификация домов частного сектора, об этой стороне цивилизации местным жителям еще несколько лет назад приходилось только мечтать. Рядом с Саперным проходит транспортная магистраль федерального значения — Петрозаводское шоссе, которое служит для посельчан связующим звеном не только с другими муниципальными образованиями Колпинского района, но и с некоторыми административными районами Северной столицы и Ленобласти.